รศ.ดร.สุธาชัย มีผลงานวิจัยและผลงานด้านหนังสือ ส่วนมากเกี่ยวข้องกับประวัติศาสตร์การเมืองไทยหลายเรื่อง โดยเฉพาะเรื่องที่เกี่ยวกับเหตุการณ์ 6 ตุลา ซึ่งตีพิมพ์อยู่ในหนังสือชื่อ อาชญากรรมรัฐในวิกฤตการณ์ของการเปลี่ยนแปลง โดย ใจ อึ๊งภากรณ์ เป็นบรรณาธิการ และที่ได้รับการตีพิมพ์ล่าสุด คือ เรื่อง แผนชิงชาติไทย พิมพ์ครั้งที่ 3 พ.ศ. 2553 ซึ่งเป็นเรื่องสมัยคณะรัฐประหาร 2490 และ หนังสือเรื่อง สายธารประวัติศาสตร์ประชาธิปไตย เป็นเรื่องประวัติศาสตร์ไทยสมัยใหม่ นอกจากนี้ ยังเขียนเรื่อง อีกฟากหนึ่งของยุโรป เป็นหนังสือว่าด้วย ประวัติศาสตร์สมัยใหม่ของยุโรปตะวันออก

เขียน บทนำ หนังสือเรื่อง หลังไมล์ดาวแดง และ สู่สมรภูมิแนวหน้า ของ เหมือนฝัน เรื่อง หลัง 6 ตุลาฯ ของ ธิกานต์ ศรีนารา เรื่อง เบนาซีร์ บุตโต หญิงแกร่งแห่งตะวันออก แปลโดย อรวรรณ นารากุล เรื่อง จีนเป็ง ประวัติศาสตร์คู่ขนาน เรื่องเล่าเลขาธิการพรรคคอมมิวนิสต์มลายา แปลโดย ธันรวี

เคยเป็นอาจารย์ประจำที่ภาควิชาพื้นฐาน คณะศิลปศาสตร์ มหาวิทยาลัยรังสิตระยะหนึ่ง ต่อมามีตำแหน่งทางวิชาการเป็นรองศาสตราจารย์เปรียบเทียบระดับ 9 ของ คณะอักษรศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

ชีวิตส่วนตัว สมรสกับภรรยาซึ่งเป็นอาจารย์ประจำคณะอักษรศาสตร์ มหาวิทยาลัยศิลปากร และสนิทสนมกับทางกลุ่มผู้สนับสนุนแนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติหลายคน เช่น นพ.เหวง โตจิราการ, จรัล ดิษฐาอภิชัย, สุนัย จุลพงศธร, อดิศร เพียงเกษ, วิสา คัญทัพ, สุรชัย ด่านวัฒนานุสรณ์ และ รศ.ดร.พิชิต ลิขิตกิจสมบูรณ์ เป็นต้น และร่วมในทีมงานวิชาการของธิดา ถาวรเศรษฐ์ ผู้ประสานงาน นปช. รุ่นใหม่ จึงถือว่าเป็นหนึ่งในนักวิชาการฝ่ายเสื้อแดง โดยมีผู้ร่วมงานวิชาการเช่น ผศ.ดร.สุดา รังกุพันธุ์ รศ.ดร.สุดสงวน สุธีสร

ผลงานล่าสุด เมื่อ พ.ศ. 2558 คือ บันทึกเชิงนวนิยาย เรื่อง "น้ำป่า" ซึ่งเล่าเรื่องการต่อสู้ของนักศึกษาที่เขตงานสุราษฎร์ธานี เมื่อ พ.ศ. 2520